Cómo usarlo 01 Introduce la secuencia. Pega bases sin formato o un registro FASTA; las cabeceras, los espacios y los dígitos se omiten, los caracteres no válidos se notifican y se aceptan códigos IUPAC (N, R, Y, S) donde el modelo los admite. 02 Elige un panel en la barra de pestañas o abre su dirección; la secuencia se conserva entre paneles. 03 Declara el modelo: molécula y extremo 5′ para la masa; tabla de código genético 1, 2, 3 u 11; concentración de sal y cebador para Tm; matriz y costes de gap; topología lineal o circular. 04 Lee y copia: las tarjetas, tablas y bloques de texto contienen la cadena complementaria inversa, el péptido, el alineamiento o los fragmentos. 05 Compara antes de confiar: los modelos en paralelo señalan discrepancias y la tarjeta de dispersión de Tm se vuelve roja por encima de 8 °C. Lecturas resueltas Todos los valores provienen de las demos que cargan los paneles; solo se cambió el umbral de ORF.
Panel
Entrada
Lectura
Secuencia y Tm
demo de 87 nt, dsDNA, 5′-OH, 50 mM Na⁺, cebador 500 nM
87 nt · GC 55.17% · 53637.78 Da · ΔG°₃₇ -94.88 kcal/mol
Secuencia y Tm
cebador ATGGCCATTGTAATGGGCCG
Tm NN 58.4 °C · regla GC 53.8 °C · Wallace 62 °C · dispersión 8.2 °C
Traducción y ORF
demo, tabla 1, umbral ≥ 20 aa y luego ≥ 5 aa
el marco +1 lee MAIVMGR*KGAR*LRDRSAS*LG*A*IPG (29 aa, 5 paradas); 0 ORF con ≥ 20 aa; con ≥ 5 aa: +3 21–59 (12 aa, CTG/TAG) y +1 1–24 (7 aa, ATG/TGA)
Proteína
demo de 75 aa
pI 8.51 · 8.799 kDa · GRAVY -0.004 · inestabilidad 34.21 (estable) · +1.67 a pH 7
Alineamiento
HEAGAWGHEE / PAWHEAE, BLOSUM50, apertura 8, extensión 8
puntuación global 1 , identidad 45.5% (5/11); puntuación local 28 en AWGHE / AW-HE
Restricción
demo de 87 nt, seis enzimas predeterminadas, lineal
3 cortes → 4 fragmentos · el mayor 71 bp (81.6%) · cortadores únicos EcoRI, HindIII, SmaI
Los marcos de la demo están llenos de paradas, así que nada alcanza el mínimo predeterminado de 20 aa; con 5 aa el buscador devuelve dos ORF.
Una secuencia, cinco modelos Los paneles comparten una entrada, no un algoritmo. Secuencia y Tm cuenta bases y aplica tres modelos de fusión, cada uno con una etiqueta de validez; la traducción expande codones IUPAC y notifica los ambiguos como X; proteína usa escalas pKa de EMBOSS y Kyte–Doolittle; el alineamiento puntúa pares de residuos de la matriz elegida; la restricción escanea sitios IUPAC e informa de los extremos. Cada modelo tiene nombre y sus ajustes son entradas, no valores predeterminados ocultos.
Límites que conviene recordar
Rangos calibrados. La Tm de vecino más próximo espera 10–1000 mM de sal y avisa por debajo de 8 nt; las reglas de Wallace y GC están limitadas por longitud; GRAVY y el índice de inestabilidad están calibrados con proteínas completas; las masas son medias, no monoisotópicas.
Alfabeto de entrada y topes de tamaño. Los paneles aceptan A/C/G/T donde el modelo lo exige — la Tm de vecino más próximo rechaza bases ambiguas — y el alineamiento se detiene por encima de 4,000,000 de celdas DP (unas 2,000 × 2,000 residuos). La digestión escanea las 32 enzimas comunes de su tabla de referencia. Lo que no hace. No hace alineamiento múltiple, búsqueda en bases de datos, diseño de cebadores ni anotación de plásmidos; es una calculadora de banco por pares. Para una búsqueda en GenBank o un árbol multisecuencia, usa NCBI BLAST o Clustal Omega . Las tres tarjetas de Tm no coinciden La trampa característica está en el primer panel: tres valores de Tm que parecen intercambiables. Para el cebador ATGGCCATTGTAATGGGCCG leen 58.4 °C (vecino más próximo), 53.8 °C (regla GC) y 62 °C (Wallace), una dispersión de 8.2 °C . En la demo de 87 nt las mismas tarjetas leen 79.0 °C , 79.8 °C y 270 °C — una dispersión de 191.0 °C impresa en rojo. Wallace solo cuenta la composición de bases, 2(A+T) + 4(G+C); la regla GC añade una corrección media; solo el valor de vecino más próximo incorpora apilamiento, sal y concentración de cebador. Diseña con la tarjeta de vecino más próximo; trata las otras dos como reglas prácticas que caducan fuera de su ventana de longitud.
Dónde ayuda Pedir un cebador Pega el candidato de 20 mer: GC 55.00% , Tm NN 58.4 °C con 50 mM Na⁺ y 500 nM, una masa de 12235.05 Da de doble cadena (6173.07 Da de cadena simple) y 4086.62 pmol/mL por unidad de OD₂₆₀.
Comprobar un constructo El marco +1 lee la demo como MAIVMGR*KGAR*…, el buscador de ORF recupera el péptido de 12 aa iniciado por CTG en 21–59 , y el panel Restricción convierte la misma entrada en 3 cortes → 4 fragmentos .
Ordenar una preparación de proteína pI 8.51 , GRAVY -0.004 y 8.799 kDa en 75 residuos, con ε₂₈₀ 8,480 M⁻¹cm⁻¹ y A₂₈₀ a 1 g/L de 0.964 — suficiente para elegir un pH de tampón y leer la concentración a partir de una absorbancia.
Privacidad Los cinco paneles calculan dentro de tu navegador; las secuencias que pegas nunca se suben ni se almacenan en un servidor.
Referencias
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Henikoff S. & Henikoff J.G., Amino acid substitution matrices from protein blocks , PNAS 89(22):10915–10919 (1992), pubmed.ncbi.nlm.nih.gov （访问日期：2026-10-01）— matrices BLOSUM para el alineamiento.
Kyte J. & Doolittle R.F., A simple method for displaying the hydropathic character of a protein , J Mol Biol 157(1):105–132 (1982), doi.org （访问日期：2026-10-01）— la escala de hidropatía GRAVY.
Pace C.N. et al., How to measure and predict the molar absorption coefficient of a protein , Protein Sci 4(11):2411–2423 (1995), pubmed.ncbi.nlm.nih.gov （访问日期：2026-10-01）— coeficientes de extinción a 280 nm.
REBASE, The Restriction Enzyme Database , rebase.neb.com （访问日期：2026-10-01）— sitios de reconocimiento y posiciones de corte.
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来源与审阅
更新 2026-10-01 SantaLucia J., *A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics*, PNAS 95(4):1460–1465 (1998) (accessed 2026-10-01) NCBI, *Genetic Codes* (accessed 2026-10-01) Henikoff S. & Henikoff J.G., *Amino acid substitution matrices from protein blocks*, PNAS 89(22):10915–10919 (1992) (accessed 2026-10-01) Kyte J. & Doolittle R.F., *A simple method for displaying the hydropathic character of a protein*, J Mol Biol 157(1):105–132 (1982) (accessed 2026-10-01) Pace C.N. et al., *How to measure and predict the molar absorption coefficient of a protein*, Protein Sci 4(11):2411–2423 (1995) (accessed 2026-10-01) REBASE, *The Restriction Enzyme Database*, REBASE / NEB (accessed 2026-10-01)