Como usar 01 Forneça a sequência. Cole bases brutas ou um registro FASTA; cabeçalhos, espaços e dígitos são ignorados, caracteres inválidos são reportados e códigos IUPAC (N, R, Y, S) são aceitos onde o modelo os suporta. 02 Escolha um painel na barra de abas ou abra seu endereço; a sequência persiste entre os painéis. 03 Declare o modelo: molécula e extremidade 5′ para a massa; tabela de código genético 1, 2, 3 ou 11; concentração de sal e primer para Tm; matriz e custos de gap; topologia linear ou circular. 04 Leia e copie: cartões, tabelas e blocos de texto trazem o complemento reverso, o peptídeo, o alinhamento ou os fragmentos. 05 Compare antes de confiar: modelos lado a lado sinalizam divergências, e o cartão de dispersão de Tm fica vermelho acima de 8 °C. Leituras calculadas Todos os valores vêm das demos que os painéis carregam; apenas o limiar de ORF foi alterado.
Painel
Entrada
Leitura
Sequência e Tm
demo de 87 nt, dsDNA, 5′-OH, 50 mM Na⁺, primer 500 nM
87 nt · GC 55.17% · 53637.78 Da · ΔG°₃₇ -94.88 kcal/mol
Sequência e Tm
primer ATGGCCATTGTAATGGGCCG
Tm NN 58.4 °C · regra GC 53.8 °C · Wallace 62 °C · dispersão 8.2 °C
Tradução e ORF
demo, tabela 1, limiar ≥ 20 aa e depois ≥ 5 aa
o quadro +1 lê MAIVMGR*KGAR*LRDRSAS*LG*A*IPG (29 aa, 5 paradas); 0 ORFs com ≥ 20 aa; com ≥ 5 aa: +3 21–59 (12 aa, CTG/TAG) e +1 1–24 (7 aa, ATG/TGA)
Proteína
demo de 75 aa
pI 8.51 · 8.799 kDa · GRAVY -0.004 · instabilidade 34.21 (estável) · +1.67 em pH 7
Alinhamento
HEAGAWGHEE / PAWHEAE, BLOSUM50, abertura 8, extensão 8
pontuação global 1 , identidade 45.5% (5/11); pontuação local 28 em AWGHE / AW-HE
Restrição
demo de 87 nt, seis enzimas padrão, linear
3 cortes → 4 fragmentos · o maior 71 bp (81.6%) · cortadores únicos EcoRI, HindIII, SmaI
Os quadros da demo são cheios de paradas, então nada atinge o mínimo padrão de 20 aa; com 5 aa o buscador retorna dois ORFs.
Uma sequência, cinco modelos Os painéis compartilham uma entrada, não um algoritmo. Sequência e Tm conta bases e aplica três modelos de fusão, cada um com um rótulo de validade; a tradução expande códons IUPAC e reporta os ambíguos como X; proteína usa escalas pKa do EMBOSS e Kyte–Doolittle; o alinhamento pontua pares de resíduos da matriz escolhida; a restrição varre sítios IUPAC e reporta extremidades salientes. Cada modelo é nomeado, e seus ajustes são entradas, não padrões ocultos.
Limites a ter em mente
Faixas calibradas. A Tm por vizinho mais próximo espera 10–1000 mM de sal e avisa abaixo de 8 nt; as regras de Wallace e GC são limitadas por comprimento; GRAVY e o índice de instabilidade são calibrados em proteínas inteiras; as massas são médias, não monoisotópicas.
Alfabeto de entrada e limites de tamanho. Os painéis aceitam A/C/G/T onde o modelo exige — a Tm por vizinho mais próximo recusa bases ambíguas — e o alinhamento para acima de 4,000,000 de células DP (cerca de 2,000 × 2,000 resíduos). A digestão varre as 32 enzimas comuns de sua tabela de referência. O que ele não faz. Não faz alinhamento múltiplo, busca em banco de dados, desenho de primers nem anotação de plasmídeo; é uma calculadora de bancada aos pares. Para uma busca no GenBank ou uma árvore multissequeência, use o NCBI BLAST ou o Clustal Omega . Os três cartões de Tm não concordam A armadilha característica está no primeiro painel: três valores de Tm que parecem intercambiáveis. Para o primer ATGGCCATTGTAATGGGCCG eles leem 58.4 °C (vizinho mais próximo), 53.8 °C (regra GC) e 62 °C (Wallace), uma dispersão de 8.2 °C . Na demo de 87 nt, os mesmos cartões leem 79.0 °C , 79.8 °C e 270 °C — uma dispersão de 191.0 °C impressa em vermelho. Wallace conta apenas a composição de bases, 2(A+T) + 4(G+C); a regra GC acrescenta uma correção média; só o valor por vizinho mais próximo carrega empilhamento, sal e concentração de primer. Projete com o cartão de vizinho mais próximo; trate os outros dois como regras práticas que expiram fora de sua janela de comprimento.
Onde ajuda Encomendar um primer Cole o candidato de 20 mer: GC 55.00% , Tm NN 58.4 °C a 50 mM Na⁺ e 500 nM, uma massa de 12235.05 Da em fita dupla (6173.07 Da em fita simples) e 4086.62 pmol/mL por unidade de OD₂₆₀.
Verificar um constructo O quadro +1 lê a demo como MAIVMGR*KGAR*…, o buscador de ORF recupera o peptídeo de 12 aa iniciado por CTG em 21–59 , e o painel Restrição transforma a mesma entrada em 3 cortes → 4 fragmentos .
Organizar uma preparação de proteína pI 8.51 , GRAVY -0.004 e 8.799 kDa em 75 resíduos, com ε₂₈₀ 8,480 M⁻¹cm⁻¹ e A₂₈₀ a 1 g/L de 0.964 — o bastante para escolher um pH de tampão e ler a concentração a partir de uma absorbância.
Privacidade Os cinco painéis calculam dentro do seu navegador; as sequências que você cola nunca são enviadas nem armazenadas em um servidor.
Referências
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Henikoff S. & Henikoff J.G., Amino acid substitution matrices from protein blocks , PNAS 89(22):10915–10919 (1992), pubmed.ncbi.nlm.nih.gov （访问日期：2026-10-01）— matrizes BLOSUM para o alinhamento.
Kyte J. & Doolittle R.F., A simple method for displaying the hydropathic character of a protein , J Mol Biol 157(1):105–132 (1982), doi.org （访问日期：2026-10-01）— a escala de hidropatia GRAVY.
Pace C.N. et al., How to measure and predict the molar absorption coefficient of a protein , Protein Sci 4(11):2411–2423 (1995), pubmed.ncbi.nlm.nih.gov （访问日期：2026-10-01）— coeficientes de extinção a 280 nm.
REBASE, The Restriction Enzyme Database , rebase.neb.com （访问日期：2026-10-01）— sítios de reconhecimento e posições de corte.
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来源与审阅
更新 2026-10-01 SantaLucia J., *A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics*, PNAS 95(4):1460–1465 (1998) (accessed 2026-10-01) NCBI, *Genetic Codes* (accessed 2026-10-01) Henikoff S. & Henikoff J.G., *Amino acid substitution matrices from protein blocks*, PNAS 89(22):10915–10919 (1992) (accessed 2026-10-01) Kyte J. & Doolittle R.F., *A simple method for displaying the hydropathic character of a protein*, J Mol Biol 157(1):105–132 (1982) (accessed 2026-10-01) Pace C.N. et al., *How to measure and predict the molar absorption coefficient of a protein*, Protein Sci 4(11):2411–2423 (1995) (accessed 2026-10-01) REBASE, *The Restriction Enzyme Database*, REBASE / NEB (accessed 2026-10-01)