Verwendung 01 Sequenz bereitstellen. Rohe Basen oder einen FASTA-Eintrag einfügen; Kopfzeilen, Leerraum und Ziffern werden übersprungen, ungültige Zeichen gemeldet, und IUPAC-Codes (N, R, Y, S) werden akzeptiert, soweit das Modell sie unterstützt. 02 Panel wählen über die Tab-Leiste oder dessen Adresse öffnen; die Sequenz bleibt über die Panels hinweg erhalten. 03 Modell festlegen: Molekül und 5′-Ende für die Masse; genetische Code-Tabelle 1, 2, 3 oder 11; Salz- und Primer-Konzentration für Tm; Matrix und Gap-Kosten; lineare oder zirkuläre Topologie. 04 Ablesen und kopieren: Karten, Tabellen und Textblöcke enthalten das reverse Komplement, das Peptid, das Alignment oder die Fragmente. 05 Vor dem Vertrauen vergleichen: Seite an Seite gestellte Modelle zeigen Abweichungen an, und die Tm-Streuungskarte wird ab 8 °C rot. Durchgerechnete Ausgaben Alle Werte stammen aus den Demos, die die Panels laden; nur die ORF-Schwelle wurde geändert.
Panel
Eingabe
Ausgabe
Sequenz & Tm
87-nt-Demo, dsDNA, 5′-OH, 50 mM Na⁺, 500 nM Primer
87 nt · GC 55.17% · 53637.78 Da · ΔG°₃₇ -94.88 kcal/mol
Sequenz & Tm
Primer ATGGCCATTGTAATGGGCCG
NN-Tm 58.4 °C · GC-Regel 53.8 °C · Wallace 62 °C · Streuung 8.2 °C
Translation & ORF
Demo, Tabelle 1, Schwelle ≥ 20 aa, dann ≥ 5 aa
Frame +1 liest MAIVMGR*KGAR*LRDRSAS*LG*A*IPG (29 aa, 5 Stopps); 0 ORFs bei ≥ 20 aa; bei ≥ 5 aa: +3 21–59 (12 aa, CTG/TAG) und +1 1–24 (7 aa, ATG/TGA)
Protein
75-aa-Demo
pI 8.51 · 8.799 kDa · GRAVY -0.004 · Instabilität 34.21 (stabil) · +1.67 bei pH 7
Alignment
HEAGAWGHEE / PAWHEAE, BLOSUM50, Öffnung 8, Verlängerung 8
globaler Score 1 , Identität 45.5% (5/11); lokaler Score 28 auf AWGHE / AW-HE
Restriktion
87-nt-Demo, sechs Standardenzyme, linear
3 Schnitte → 4 Fragmente · größtes 71 bp (81.6%) · Einzelschneider EcoRI, HindIII, SmaI
Die Leseraster der Demo sind voller Stopps, daher erreicht nichts das Standardminimum von 20 aa; bei 5 aa liefert der Finder zwei ORFs.
Eine Sequenz, fünf Modelle Die Panels teilen eine Eingabe, nicht einen Algorithmus. Sequenz & Tm zählt Basen und wendet drei Schmelzmodelle an, jedes mit einem Gültigkeitslabel; die Translation erweitert IUPAC-Codons und meldet mehrdeutige als X; Protein nutzt EMBOSS-pKa- und Kyte–Doolittle-Skalen; das Alignment bewertet Restpaare aus der gewählten Matrix; die Restriktion durchsucht IUPAC-Schnittstellen und meldet Überhänge. Jedes Modell ist benannt, und seine Einstellungen sind Eingaben statt versteckter Standardwerte.
Grenzen
Kalibrierte Bereiche. Nearest-Neighbour-Tm erwartet 10–1000 mM Salz und warnt unterhalb von 8 nt; die Wallace- und GC-Regeln sind längenbegrenzt; GRAVY und der Instabilitätsindex sind auf vollständige Proteine kalibriert; Massen sind Durchschnittswerte, nicht monoisotopisch.
Eingabealphabet und Größenlimits. Die Panels akzeptieren A/C/G/T, wo das Modell es verlangt — Nearest-Neighbour-Tm lehnt mehrdeutige Basen ab —, und das Alignment stoppt oberhalb von 4,000,000 DP-Zellen (etwa 2,000 × 2,000 Reste). Der Verdau durchsucht die 32 gängigen Enzyme seiner Referenztabelle. Was es nicht tut. Kein multiples Sequenzalignment, keine Datenbanksuche, kein Primer-Design und keine Plasmidannotation; dies ist ein paarweiser Bench-Rechner. Für eine GenBank-Suche oder einen Mehrfachsequenzbaum NCBI BLAST oder Clustal Omega verwenden. Die drei Tm-Karten stimmen nicht überein Die charakteristische Falle sitzt im ersten Panel: drei Tm-Werte, die austauschbar wirken. Für den Primer ATGGCCATTGTAATGGGCCG lesen sie 58.4 °C (Nearest Neighbour), 53.8 °C (GC-Regel) und 62 °C (Wallace), eine Streuung von 8.2 °C . Bei der 87-nt-Demo lesen dieselben Karten 79.0 °C , 79.8 °C und 270 °C — eine Streuung von 191.0 °C , rot gedruckt. Wallace zählt nur die Basenzusammensetzung, 2(A+T) + 4(G+C); die GC-Regel fügt eine durchschnittliche Korrektur hinzu; nur der Nearest-Neighbour-Wert trägt Stacking, Salz und Primer-Konzentration. Mit der Nearest-Neighbour-Karte entwerfen; die anderen beiden als Faustregeln behandeln, die außerhalb ihres Längenfensters ungültig werden.
Wobei es hilft Einen Primer bestellen Den Kandidaten-20-mer einfügen: GC 55.00% , NN-Tm 58.4 °C bei 50 mM Na⁺ und 500 nM, eine Masse von 12235.05 Da doppelsträngig (6173.07 Da einzelsträngig) und 4086.62 pmol/mL pro OD₂₆₀-Einheit.
Ein Konstrukt prüfen Frame +1 liest die Demo als MAIVMGR*KGAR*…, der ORF-Finder gewinnt das CTG-geführte 12-aa-Peptid bei 21–59 zurück, und das Panel Restriktion macht aus derselben Eingabe 3 Schnitte → 4 Fragmente .
Eine Proteinpräparation sortieren pI 8.51 , GRAVY -0.004 und 8.799 kDa über 75 Reste, mit ε₂₈₀ 8,480 M⁻¹cm⁻¹ und A₂₈₀ bei 1 g/L von 0.964 — genug, um einen Puffer-pH zu wählen und die Konzentration aus einer Absorption abzulesen.
Datenschutz Alle fünf Panels rechnen in Ihrem Browser; die eingefügten Sequenzen werden nie hochgeladen oder auf einem Server gespeichert.
Referenzen
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来源与审阅
更新 2026-10-01 SantaLucia J., *A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics*, PNAS 95(4):1460–1465 (1998) (accessed 2026-10-01) NCBI, *Genetic Codes* (accessed 2026-10-01) Henikoff S. & Henikoff J.G., *Amino acid substitution matrices from protein blocks*, PNAS 89(22):10915–10919 (1992) (accessed 2026-10-01) Kyte J. & Doolittle R.F., *A simple method for displaying the hydropathic character of a protein*, J Mol Biol 157(1):105–132 (1982) (accessed 2026-10-01) Pace C.N. et al., *How to measure and predict the molar absorption coefficient of a protein*, Protein Sci 4(11):2411–2423 (1995) (accessed 2026-10-01) REBASE, *The Restriction Enzyme Database*, REBASE / NEB (accessed 2026-10-01)