Comment l'utiliser 01 Fournissez la séquence. Collez des bases brutes ou un enregistrement FASTA ; les en-têtes, les espaces et les chiffres sont ignorés, les caractères invalides sont signalés et les codes IUPAC (N, R, Y, S) sont acceptés lorsque le modèle les prend en charge. 02 Choisissez un panneau dans la barre d'onglets ou ouvrez son adresse ; la séquence persiste d'un panneau à l'autre. 03 Déclarez le modèle : molécule et extrémité 5′ pour la masse ; table du code génétique 1, 2, 3 ou 11 ; concentration de sel et d'amorce pour Tm ; matrice et coûts de gap ; topologie linéaire ou circulaire. 04 Lisez et copiez : les cartes, tableaux et blocs de texte contiennent le complément inverse, le peptide, l'alignement ou les fragments. 05 Comparez avant de faire confiance : les modèles côte à côte signalent les divergences, et la carte de dispersion de Tm passe au rouge au-delà de 8 °C. Lectures calculées Toutes les valeurs proviennent des démos chargées par les panneaux ; seul le seuil ORF a été modifié.
Panneau
Entrée
Lecture
Séquence et Tm
démo de 87 nt, dsDNA, 5′-OH, 50 mM Na⁺, amorce 500 nM
87 nt · GC 55.17% · 53637.78 Da · ΔG°₃₇ -94.88 kcal/mol
Séquence et Tm
amorce ATGGCCATTGTAATGGGCCG
Tm NN 58.4 °C · règle GC 53.8 °C · Wallace 62 °C · dispersion 8.2 °C
Traduction et ORF
démo, table 1, seuil ≥ 20 aa puis ≥ 5 aa
le cadre +1 lit MAIVMGR*KGAR*LRDRSAS*LG*A*IPG (29 aa, 5 stop) ; 0 ORF à ≥ 20 aa ; à ≥ 5 aa : +3 21–59 (12 aa, CTG/TAG) et +1 1–24 (7 aa, ATG/TGA)
Protéine
démo de 75 aa
pI 8.51 · 8.799 kDa · GRAVY -0.004 · instabilité 34.21 (stable) · +1.67 à pH 7
Alignement
HEAGAWGHEE / PAWHEAE, BLOSUM50, ouverture 8, extension 8
score global 1 , identité 45.5% (5/11) ; score local 28 sur AWGHE / AW-HE
Restriction
démo de 87 nt, six enzymes par défaut, linéaire
3 coupures → 4 fragments · le plus grand 71 bp (81.6%) · enzymes à site unique EcoRI, HindIII, SmaI
Les cadres de la démo sont pleins de stop, donc rien n'atteint le minimum par défaut de 20 aa ; à 5 aa, le chercheur renvoie deux ORF.
Une séquence, cinq modèles Les panneaux partagent une entrée, pas un algorithme. Séquence et Tm compte les bases et applique trois modèles de fusion, chacun avec une étiquette de validité ; la traduction développe les codons IUPAC et signale les ambigus par X ; protéine utilise les échelles pKa d'EMBOSS et Kyte–Doolittle ; l'alignement note les paires de résidus selon la matrice choisie ; la restriction balaie les sites IUPAC et signale les extrémités sortantes. Chaque modèle est nommé, et ses réglages sont des entrées plutôt que des valeurs par défaut cachées.
Limites à garder en tête
Plages calibrées. La Tm par plus proche voisin attend 10–1000 mM de sel et avertit en dessous de 8 nt ; les règles de Wallace et du GC sont limitées en longueur ; GRAVY et l'indice d'instabilité sont calibrés sur des protéines entières ; les masses sont moyennes, non monoisotopiques.
Alphabet d'entrée et plafonds de taille. Les panneaux acceptent A/C/G/T là où le modèle l'exige — la Tm par plus proche voisin refuse les bases ambiguës — et l'alignement s'arrête au-delà de 4,000,000 de cellules DP (environ 2,000 × 2,000 résidus). La digestion balaie les 32 enzymes courantes de sa table de référence. Ce qu'il ne fait pas. Ni alignement multiple, ni recherche en base de données, ni conception d'amorces, ni annotation de plasmide ; c'est une calculatrice de paillasse par paires. Pour une recherche GenBank ou un arbre multi-séquences, utilisez NCBI BLAST ou Clustal Omega . Les trois cartes Tm ne concordent pas Le piège caractéristique se trouve sur le premier panneau : trois valeurs de Tm qui semblent interchangeables. Pour l'amorce ATGGCCATTGTAATGGGCCG, elles affichent 58.4 °C (plus proche voisin), 53.8 °C (règle GC) et 62 °C (Wallace), soit une dispersion de 8.2 °C . Sur la démo de 87 nt, les mêmes cartes affichent 79.0 °C , 79.8 °C et 270 °C — une dispersion de 191.0 °C imprimée en rouge. Wallace ne compte que la composition en bases, 2(A+T) + 4(G+C) ; la règle GC ajoute une correction moyenne ; seule la valeur par plus proche voisin intègre l'empilement, le sel et la concentration d'amorce. Concevez avec la carte du plus proche voisin ; traitez les deux autres comme des règles empiriques qui expirent hors de leur fenêtre de longueur.
Où cela aide Commander une amorce Collez le candidat de 20 mer : GC 55.00% , Tm NN 58.4 °C à 50 mM Na⁺ et 500 nM, une masse de 12235.05 Da en double brin (6173.07 Da en simple brin) et 4086.62 pmol/mL par unité de DO₂₆₀.
Vérifier une construction Le cadre +1 lit la démo comme MAIVMGR*KGAR*…, le chercheur d'ORF récupère le peptide de 12 aa initié par CTG en 21–59 , et le panneau Restriction transforme la même entrée en 3 coupures → 4 fragments .
Démêler une préparation de protéine pI 8.51 , GRAVY -0.004 et 8.799 kDa sur 75 résidus, avec ε₂₈₀ 8,480 M⁻¹cm⁻¹ et A₂₈₀ à 1 g/L de 0.964 — de quoi choisir un pH de tampon et lire une concentration à partir d'une absorbance.
Confidentialité Les cinq panneaux calculent dans votre navigateur ; les séquences que vous collez ne sont jamais téléversées ni stockées sur un serveur.
Références
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Henikoff S. & Henikoff J.G., Amino acid substitution matrices from protein blocks , PNAS 89(22):10915–10919 (1992), pubmed.ncbi.nlm.nih.gov （访问日期：2026-10-01）— matrices BLOSUM pour l'alignement.
Kyte J. & Doolittle R.F., A simple method for displaying the hydropathic character of a protein , J Mol Biol 157(1):105–132 (1982), doi.org （访问日期：2026-10-01）— l'échelle d'hydropathie GRAVY.
Pace C.N. et al., How to measure and predict the molar absorption coefficient of a protein , Protein Sci 4(11):2411–2423 (1995), pubmed.ncbi.nlm.nih.gov （访问日期：2026-10-01）— coefficients d'extinction à 280 nm.
REBASE, The Restriction Enzyme Database , rebase.neb.com （访问日期：2026-10-01）— sites de reconnaissance et positions de coupure.
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来源与审阅
更新 2026-10-01 SantaLucia J., *A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics*, PNAS 95(4):1460–1465 (1998) (accessed 2026-10-01) NCBI, *Genetic Codes* (accessed 2026-10-01) Henikoff S. & Henikoff J.G., *Amino acid substitution matrices from protein blocks*, PNAS 89(22):10915–10919 (1992) (accessed 2026-10-01) Kyte J. & Doolittle R.F., *A simple method for displaying the hydropathic character of a protein*, J Mol Biol 157(1):105–132 (1982) (accessed 2026-10-01) Pace C.N. et al., *How to measure and predict the molar absorption coefficient of a protein*, Protein Sci 4(11):2411–2423 (1995) (accessed 2026-10-01) REBASE, *The Restriction Enzyme Database*, REBASE / NEB (accessed 2026-10-01)