사용 방법 01 서열을 준비합니다. 생염기 또는 FASTA 레코드를 붙여 넣습니다. 헤더, 공백, 숫자는 건너뛰고, 잘못된 문자는 보고되며, 모델이 지원하는 경우 IUPAC 코드(N, R, Y, S)도 허용됩니다. 02 패널을 선택합니다. 탭 스트립에서 고르거나 주소를 엽니다. 서열은 패널 간에 유지됩니다. 03 모델을 지정합니다. 질량에는 분자와 5′ 말단, 번역에는 유전암호 표 1·2·3·11, Tm에는 염과 프라이머 농도, 정렬에는 행렬과 갭 비용, 위상에는 선형 또는 원형을 선택합니다. 04 읽고 복사합니다. 카드, 표, 텍스트 블록에 역상보 서열, 펩타이드, 정렬 또는 절편이 담깁니다. 05 신뢰하기 전에 비교합니다. 나란히 놓인 모델이 불일치를 표시하고, Tm 분산 카드는 8 °C를 넘으면 빨간색이 됩니다. 계산 예시 모든 값은 패널이 불러오는 데모에서 나오며, 바뀐 것은 ORF 임계값뿐입니다.
패널
입력
판독값
서열과 Tm
87 nt 데모, dsDNA, 5′-OH, 50 mM Na⁺, 500 nM 프라이머
87 nt · GC 55.17% · 53637.78 Da · ΔG°₃₇ -94.88 kcal/mol
서열과 Tm
프라이머 ATGGCCATTGTAATGGGCCG
NN Tm 58.4 °C · GC 규칙 53.8 °C · Wallace 62 °C · 분산 8.2 °C
번역과 ORF
데모, 표 1, 임계값 ≥ 20 aa 후 ≥ 5 aa
프레임 +1은 MAIVMGR*KGAR*LRDRSAS*LG*A*IPG(29 aa, 5개 정지)를 읽고, ≥ 20 aa에서 ORF 0 개, ≥ 5 aa에서 +3 21–59 (12 aa, CTG/TAG)와 +1 1–24 (7 aa, ATG/TGA)
단백질
75 aa 데모
pI 8.51 · 8.799 kDa · GRAVY -0.004 · 불안정성 34.21 (안정) · pH 7에서 +1.67
정렬
HEAGAWGHEE / PAWHEAE, BLOSUM50, 열기 8, 확장 8
전역 점수 1 , 일치도 45.5% (5/11), 국소 점수 28 (AWGHE / AW-HE)
제한효소
87 nt 데모, 기본 효소 6종, 선형
3 개 절단 → 4 개 절편 · 최대 71 bp (81.6%) · 단일 절단효소 EcoRI, HindIII, SmaI
데모의 프레임은 정지 코돈으로 가득해 기본 최소값 20 aa에 도달하는 것이 없습니다. 5 aa에서는 탐색기가 ORF 두 개를 반환합니다.
서열 하나, 모델 다섯 패널이 공유하는 것은 알고리즘이 아니라 입력입니다. 서열과 Tm은 염기를 세고 세 가지 융해 모델을 적용하며 각각 유효성 라벨을 붙입니다. 번역은 IUPAC 코돈을 전개하고 모호한 코돈은 X로 보고합니다. 단백질은 EMBOSS pKa와 Kyte–Doolittle 척도를 사용합니다. 정렬은 선택한 행렬로 잔기 쌍을 채점합니다. 제한효소는 IUPAC 사이트를 훑고 돌출 말단을 보고합니다. 모든 모델에는 이름이 있고, 그 설정은 숨은 기본값이 아니라 입력입니다.
기억할 한계
보정된 범위. 최근접 이웃 Tm은 10–1000 mM 염을 가정하고 8 nt 미만에서 경고합니다. Wallace와 GC 규칙은 길이 제한이 있고, GRAVY와 불안정성 지수는 전장 단백질로 보정되었습니다. 질량은 평균 질량이며 단일동위원소 질량이 아닙니다.
입력 알파벳과 크기 상한. 패널은 모델이 요구하는 곳에서 A/C/G/T를 받습니다(최근접 이웃 Tm은 모호한 염기를 거부합니다). 정렬은 4,000,000 DP 셀(약 2,000 × 2,000 잔기)을 넘으면 중단됩니다. 절단은 참조 표의 일반 효소 32종을 훑습니다. 하지 않는 일. 다중 서열 정렬, 데이터베이스 검색, 프라이머 설계, 플라스미드 주석은 하지 않습니다. 쌍별 벤치 계산기입니다. GenBank 검색이나 다중 서열 트리에는 NCBI BLAST 나 Clustal Omega 를 사용하세요. Tm 카드 세 장은 서로 맞지 않습니다 대표적인 함정은 첫 패널에 있습니다. 서로 바꿔 쓸 수 있어 보이는 Tm 값 세 개입니다. 프라이머 ATGGCCATTGTAATGGGCCG에 대해 58.4 °C (최근접 이웃), 53.8 °C (GC 규칙), 62 °C (Wallace)를 표시하며 분산은 8.2 °C 입니다. 87 nt 데모에서는 같은 카드가 79.0 °C , 79.8 °C , 270 °C 를 표시하고 분산 191.0 °C 가 빨간색으로 인쇄됩니다. Wallace는 염기 조성 2(A+T) + 4(G+C)만 세고, GC 규칙은 평균 보정을 더하며, 스태킹·염·프라이머 농도를 반영하는 것은 최근접 이웃 값뿐입니다. 설계에는 최근접 이웃 카드를 사용하고, 나머지 둘은 길이 창 밖에서는 유효하지 않은 경험 법칙으로 다루세요.
도움이 되는 상황 프라이머 주문 후보 20 mer를 붙여 넣습니다. GC 55.00% , 50 mM Na⁺·500 nM에서 NN Tm 58.4 °C , 이중가닥 질량 12235.05 Da (단일가닥 6173.07 Da ), OD₂₆₀ 단위당 4086.62 pmol/mL 입니다.
구조물 확인 프레임 +1은 데모를 MAIVMGR*KGAR*…로 읽고, ORF 탐색기는 21–59 에서 CTG로 시작하는 12 aa 펩타이드를 복원하며, 제한효소 패널은 같은 입력을 3개 절단 → 4개 절편 으로 바꿉니다.
단백질 정제 정리 75개 잔기에서 pI 8.51 , GRAVY -0.004 , 8.799 kDa , ε₂₈₀ 8,480 M⁻¹cm⁻¹ , 1 g/L에서 A₂₈₀ 0.964 — 완충액 pH를 고르고 흡광도로 농도를 읽기에 충분합니다.
개인정보 5개 패널은 모두 브라우저 안에서 계산하며, 붙여 넣은 서열은 업로드되거나 서버에 저장되지 않습니다.
참고 문헌
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REBASE, The Restriction Enzyme Database , rebase.neb.com （访问日期：2026-10-01）— 인식 사이트와 절단 위치.
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来源与审阅
更新 2026-10-01 SantaLucia J., *A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics*, PNAS 95(4):1460–1465 (1998) (accessed 2026-10-01) NCBI, *Genetic Codes* (accessed 2026-10-01) Henikoff S. & Henikoff J.G., *Amino acid substitution matrices from protein blocks*, PNAS 89(22):10915–10919 (1992) (accessed 2026-10-01) Kyte J. & Doolittle R.F., *A simple method for displaying the hydropathic character of a protein*, J Mol Biol 157(1):105–132 (1982) (accessed 2026-10-01) Pace C.N. et al., *How to measure and predict the molar absorption coefficient of a protein*, Protein Sci 4(11):2411–2423 (1995) (accessed 2026-10-01) REBASE, *The Restriction Enzyme Database*, REBASE / NEB (accessed 2026-10-01)